Le Kleziova majka je rođena u gradu Nici na francuskoj rivijeri, njegov otac na ostrvu Mauricijus (koje je bilo u britanskom vlasništvu, ali mu je otac bio etnički Bretonac). I preci njegovog oca i njegove majke bili su poreklom iz Morbihana, na južnoj obali Bretanje. Njegov predak po ocu Fransoa Aleksis Le Klezio pobegao je iz Francuske 1798. i nastanio se sa ženom i ćerkom na Mauricijusu, koji je tada bio francuska kolonija, ali će uskoro preći u britanske ruke. Kolonistima je bilo dozvoljeno da zadrže svoje običaje i upotrebu francuskog jezika. Le Klezio nikada nije živeo na Mauricijusu duže od nekoliko meseci, ali je izjavio da sebe smatra i Francuzom i Mauricijusom. Ima dvojno francusko i Mauricijus državljanstvo (Mauricijus je stekao nezavisnost 1968.) i Mauricijus naziva svojom „malom domovinom“.

Le Klezio je rođen u Nici, rodnom gradu njegove majke, tokom Drugog svetskog rata kada je njegov otac služio u britanskoj vojsci u Nigeriji. Odrastao je u Rokbilijeru, malom selu blizu Nice do 1948. kada su se on, njegova majka i brat ukrcali na brod da bi se pridružili njegovom ocu u Nigeriji. Njegov roman Onica iz 1991. delimično je autobiografski. U eseju iz 2004. prisetio se svog detinjstva u Nigeriji i odnosa sa roditeljima.