Shafak je rođena u Strazburu, Francuska, od oca Nuri Bilgina, filozofa, i majke Šafak Atayman, koja je kasnije postala diplomata. Nakon razdvajanja roditelja, vratila se u Ankaru, Turska, gde je odrasla sa majkom i baka po majci. Studirala je međunarodne odnose na Univerzitetu za tehniku na Bliskom istoku, a zatim magistrirala ženske studije. Takođe ima doktorat iz političkih nauka.

Shafak je živela u Istanbulu, SAD-u, pre nego što se preselila u Veliku Britaniju. Od 2013. godine živi u Londonu, ali kaže da “nosi Istanbul u svojoj duši”. Ona je u samonametnutom egzilu iz Turske zbog straha od progona. Shafak je udata za turskog novinara Eyüp Can Sağlık, sa kojim ima kćerku i sina. 2017. godine, Shafak je javno priznala da je biseksualna.

Njena dela su često istraživala ljudska prava, posebno u Turskoj, i uključivala su teme poput progona Jazida, armenskog genocida i tretmana različitih manjina u Turskoj. Kao zagovornica slobode izražavanja, Shafak je kritična prema predsedništvu Recepa Tayyipa Erdoğana, opisujući njegov mandat kao povećanje autoritarizma u Turskoj.